(一)取证方式
现有的取证方式有自行取证、公证取证、手段取证、刑事取证和诉前证据保全等几种常见的取证方式。调查公司跟踪取证是自行取证中的一部分，但是这种证据只能作为线索，不能作为被告侵权的直接证据，因为调查公司在中国是不合法的。
(二)举证内容
1、权利证据
对于原告来说，首先，一个非常重要的证据就是权利来源，权利人是自行研发的还是通过转让获得的，是独占许可人抑或普通许可人，这在民事诉讼过程中必须要举证证明的。
2、要证明采取了保密措施
是否采取保密措施要结合商业秘密具体的特性、所涉商业秘密信息载体的特性、权利人保密的意愿和保密标识的可识别程度来判定。具体的措施包括限定涉密信息的知悉范围、对涉密信息加锁、对涉密信息采用密码或者代码、签订保密协议、对涉密的场所做出一些保密的要求。目前司法实践当中，法院对是否采取保密措施的认定还是比较宽松的，原则上只要有明确的保密意向，并有相应措施，法院基本上都认定权利人采取了保密措施。
3、商业秘密的实用价值
根据《最高人民法院关于审理不正当竞争民事案件应用法律若干问题的解释》的规定“有关信息具有现实的或者潜在的商业价值，能为权利人带来竞争优势的，应当认定为反不正当竞争法第十条第三款规定的‘能为权利人带来经济利益、具有实用性’”，因此有些实验数据，哪怕是失败的实验数据，也应该认为有实用价值。
4、秘密点的确定
秘密点的范围分为技术信息和经营信息。诉讼中最难的部分就是秘密点的确定。在商业秘密案件中，一般情况下权利人恨不得所有的信息都是保密信息，范围非常大，但是诉讼代理人要从其提供的所有资料当中去提炼，先排除不构成商业秘密的信息，比如所处技术领域的一般常识或行业惯例不能被认为是技术秘密。如果信息只涉及到产品的尺寸、结构、材料、部件的简单组合，进入市场后相关公众通过观察即可直接获得，这样的信息就不具有保密性，尺寸、结构、材料、部件的简单组合，这里强调的是简单组合，如果本身结构比较复杂，需要专业的仪器进行检验，这样的信息就是商业秘密。
秘密点排除之后还要进行秘密点的选择。在商业秘密案件中，秘密点的最终确定和选择是非常艰难的，诉讼中权利人越来越倾向于“广种薄收”型，即尽可能多的要求信息是商业秘密，增加被告的工作量;在“广种薄收”之外还有秘密点组合，比如产品的材质、尺寸、大小可以做一些秘密点组合，把一系列的特征做一个组合秘密点，其中某一秘密点被被告否定了，原告的组合还是能够成立的，这也是诉讼时秘密点确定的技巧。当然，技术人员有时候是意识不到这一点的，这需要由诉讼代理人引导技术人员去划定或者总结秘密点。
5、确定被告
即被告的主体证据，确定侵权主体的前提下，权利人还要证明被告接触了商业秘密，这些证据包括图纸借阅记录和员工的职责范围，另外还要证明被告实施了侵犯商业秘密的行为。
在诉讼中，对所使用的技术信息与商业秘密是否相同或相似、是否是秘密点的举证是非常复杂的，通常都要做司法鉴定。另外，在商业秘密案件的举证中还要注意二次泄密的问题，即在诉讼过程当中如何有技巧的防止损失的进一步扩大和二次泄密的发生，需要引起权利人充分重视。
6、赔偿证据
权利人的实际损失和侵权人非法获利的计算是非常难的问题。实际中很多做仿冒品的工厂都不正规，没有完整的会计账簿，除此还要考虑到市场行情、通货膨胀、经济形式等，侵权人的非法获利计算起来非常困难。而权利人的实际损失是否可以以权利人的研发投入作为实际损失的，现实中仍存有争议。研发投入与其可能的价格之间是有差异的，因为所有的研发投入都希望能产生更大的价值。尽管如此，研发投入确实可以作为权利人实际损失的参照依据，笔者认为，把权利人的研发实际投入乘以一个系数作为实际损失可能更为合理。当然，如果权利人的实际损失和侵权人的非法获利都很难举证证明的，可以适用法定赔偿，参照《著作权法》、《商标法》对于法定赔偿的规定，最高额是五十万元，参照《专利法》法定赔偿的最高额是一百万元，这个数额确实难以弥补权利人的实际损失，不符合填平原则，法定赔偿金额有待立法提高。